Eine Trendwende erfolgte sicherlich durch das Wirken von Immanuel Kant von 1755 - 1804, der als Geograph, Mathematiker, Naturwissenschafter und Philosoph Königsberg zu europaweitem Ansehen führte.
In den Jahren nach den Wirren der napoleonischen Kriegen und der Befreiungskriege setzte die preussische Universitätsreform ein, die als wichtigste Aufgaben der Universitäten die Ausbildung von Lehrern, Juristen und Verwaltungsbeamten sah. Königsberg wurde zum Modellfall dieser Reformen, (früher als die später dominierende Universität Berlin), die auch in vielen anderen Ländern zum Einsatz kamen.
Auf mathematischem Sektor wurde Königsberg von dem Dreigestirn F. W. Bessel, Franz Neumann und Gustav Jacobi an die Spitze des deutschen Srachraumes geführt, da diese ein Prinzip der Einheit zwischen Forschung und Lehre praktizierten, (im Gegenteil zu Gauß, der zur gleichen Zeit in Göttingen wirkte), mit welchem sie ihre Studenten an den neuesten Stand der Forschung (meist ihrer eigenen) heranführten. Hierzu sei angemerkt, wie die Mathematik bis zu diesem Zeitpunkt an den deutschen Universitäten ausgesehen hat. Die großen Denker waren meist Autodidakten, die sich das bisher Geleistete auf den verschiedensten Wegen aneigneten. Die Mathematik an den Universitäten bestand zum Großteil aus so sachdienlichen Aufgaben wie Kalenderberechnungen, Berechnung von Finsternissen und Vorhersagen des Eintreffens von Kometen. Man kann sagen, daß alle großen Mathematiker der folgenden Generation bei Jacobi und dem schon gleichzeitig in Berlin lehrenden Dirichlet in die Schule gegangen sind.
1834 schufen Jacobi und Neumann das mathematische-physikalische Seminar, das erste seiner Art, und alle anderen Universitäten Deutschlands folgten diesem Beispiel.
Auch nachdem Jacobi nach Berlin wechselte, blieb sein Stuhl immer gut besetzt. (z.B. mit Richelot, Weber, von Lindemann) Zum neuerlichen Höhepunkt der Mathematik kam es gegen Ende des 19. Jahrhunderts, als gleichzeitig Hurwitz, Hilbert und Minkowski in Königsberg unterrichteten.
Der 2. Weltkrieg machte natürlich auch vor dieser Universität nicht halt und der Niedergang kulminierte mit der weitgehenden Zerstörung des mathematischen Seminars im Jahre 1943. Die Stadt Königsberg heißt heute Kaliningrad, und liegt in der russischen Enklave zwischen Polen und den baltischen Staaten.